Не только форма гробницы, но и строительный материал был новым и необычным. Усыпальница была сделана целиком из камня. Конечно, и раньше умели дробить и обрабатывать камень, но все строения возводились из необожженного кирпича, и только отдельные элементы, например опускающиеся двери или настил пола, изготовляли из камня. Пирамида фараона Джосера была первым большим каменным строением. Поэтому Манефон с полным правом называет Имхотепа «создателем каменного зодчества». Массивные плиты и блоки заготавливали прямо возле строительной площадки, а известняк для облицовки доставляли из небольшого местечка Туры на другом берегу Нила.

Кроме пирамиды Джосера внутри стены располагались и другие постройки. Вероятно, они предназначались для ритуальных обрядов или для погребения высших сановников фараона. До сих пор неизвестно назначение большой мастабы в южной части захоронения: в скале выдолблена шахта глубиной 30 м, на дне ее подготовлена усыпальница. Она облицована розовым гранитом и голубыми изразцами, стены покрыты рельефными изображениями фараона Джосера. В погребальной камере обнаружили саркофаг длиной всего 1,6 м. Он явно был слишком мал для тела взрослого мужчины. Возможно, этот саркофаг предназначался для захоронения внутренних органов фараона, которые удаляли при мумификации.

Так поэтапно из мастабы возникла первая в мире пирамида. Поначалу гробница Джосера была обычной, хотя и довольно большой мастабой, длиной 63 м и высотой 8 м. После всех достроек Имхотеп превратил ее в пирамиду с основанием 125 х 110 м.