Только в стенах этого собора можно услышать самый старинный в столице орган. Известно, что ни один музыкальный инструмент в мире не даёт такого богатого, а порою и фантастического звучания, такого объёмного, почти осязаемого звука. Не зря Моцарт называл орган «королём инструментов».

История этого инструмента не менее интересна, чем и история самого собора.

Первую каменную лютеранскую церковь во имя святых апостолов Петра и Павла заложил в 1694 году царь Пётр I. На следующий год она была освящена в его присутствии.

В эпоху Московского царства протестантизм был религией иностранцев, хотя во времена Бориса Годунова на деньги самого царя строится церковь, куда специально приглашаются проповедники из Германии.

С воцарением Петра I в развитии лютеранства в России наступает новый этап. Пётр I c явной симпатией относился к лютеранам и к самой реформе Лютера. Кроме того, царь окружил себя протестантскими придворными и реформировал Русскую церковь на протестантский манер (упразднил пост патриарха и стал официальным главой церкви, правящим посредством Синода).

А в результате Северной войны, с присоединением новых территорий, лютеранство становится религией коренных жителей России, населявших Ингерманландию, Лифляндию, Эстляндию, Курляндию.

С 1721 года царь разрешил всем протестантам свободно исповедовать свою веру, впрочем, памятуя о Смутном времени, он оставил запрет на пропаганду.

В короткий период правления императора Петра III было провозглашено уравнение в правах протестантской и православной церквей.

И вот в 1818 году близ Покровки, в Старосадском переулке, началась постройка нового храма. Финансировал строительство король Пруссии Фридрих Вильгельм III. И его участие было не случайным. Дело в том, что дочь прусского короля Вильгельма III из династии Гогенцоллернов, принцесса Фpедеpика-Луиза-Шаpлотта-Вильгельмина, вышла замуж на царевича и великого князя Николая Павловича, младшего брата императора Александра I. Лоттхен, как её звали в семье, после замужества в 1817 году стала именоваться великой княгиней Александрой Фёдоровной.

Любезная, веселая, красивая и очень грациозная Александра Фёдоровна стала украшением русского двора. В отличие от супруги Александра I. Император Александр Павлович любил именно с невесткой открывать балы. Брак царевича Николая и принцессы Шарлотты преследовал в первую очередь политические цели: укрепление политического союза России и Пруссии, однако оказался счастливым и многодетным. Юные Николай и Шарлотта считались едва ли не самой красивой парой в Европе и влюбились друг в друга с первого взгляда. Конечно, этот союз «укрепил русско-германскую дружбу», но был со стороны «молодых» совершенно лишён даже намека на прагматизм. Восхищённый красотой и обаянием Александры Фёдоровны, юный Александр Пушкин пленился великой княгиней и оставался почитателем «А.Ф.» всю жизнь.

Когда в 1818 году Александра Фёдоровна рожала своего первенца, свекровь направила её в Москву. Это рассматривалось как знак того, что ожидается появление на свет не просто члена императорской семьи, но, возможно, будущего государя. С немецкой аккуратностью Александра Фёдоровна «не подвела» и родила сына Александра, будущего Александра II. Николай I окружал Александру Фёдоровну вниманием и любовью, создав настоящий культ «белой дамы» (символом императрицы была белая роза). Ей посвящена строка Василия Андреевича Жуковского «Гений чистой красоты», повторенная затем Александром Сергеевичем Пушкиным.

Фридрих Вильгельм III был добрым и искренне верующим человеком. И церковь в Москве была своего рода подарком новой родине любимой дочери и внуку. Правда, в подарке финансово участвовал и российский император.

18 августа 1819 года церковь Петра и Павла в Старосадском переулке освятили.

Приход Петра и Павла был крупнейшим среди протестантских приходов Москвы.

В 1837 году в кирхе впервые зазвучал орган немецкой фирмы «Э.Ф. Валькер». В мае 1848 года здесь дал органный концерт приехавший на гастроли в Россию Ференц Лист.

В середине XIX века было принято решение о реконструкции храма. Проект в неоготическом стиле разработал архитектор Александр Адольфович Мейнгард. Работы завершились в 1862 году. На следующий год на башню был поднят колокол. Колокол был подарен кирхе императором Германии, кайзером Вильгельмом I, сыном Фридриха Вильгельма III и братом скончавшейся вдовствующей императрицы Александры Фёдоровны.

К концу XIX века община значительно увеличилась. В неё входили немцы, латыши, эстонцы, финны и шведы. Богослужения теперь совершались не только на немецком, но также на латышском и эстонском языках. Тогда и встал вопрос о перестройке церкви с целью её расширения.

В 1903 году началось строительстве церкви, рассчитанной на 1700 мест. Проект был разработан архитектором Виктором Александровичем Коссовым. Виктор Александрович был одним из проектировщиков храма Христа Спасителя. Строительством храма руководил инженер Артур Фердинандович Лолейт. Артур Фердинандович был одним из пионеров внедрения железобетона в строительстве.

Освящение церкви как кафедрального собора Московского Консисториального округа состоялось в декабре 1905 года.

Особенно славился своей акустикой зал новой кирхи. В нём выступали известные московские и иностранные исполнители.

После переноса столицы из Петрограда в Москву кафедральный собор стал главным лютеранским собором всей России, а затем Советского Союза. В ноябре 1936 года все члены церковного совета были арестованы и расстреляны, а службы прекращены. На этом существование общины прекратилось.

Здание было переоборудовано под кинотеатр «Арктика», а затем передано студии «Диафильм». В 1992 году в ещё не покинутой студией кирхе начались богослужения. Окончательно студия освободила храм в 1997 году. Затем началась реставрация колокольни и часовни собора, которые построил знаменитый архитектор эпохи модерна Фёдор Осипович Шехтель.

После закрытия кирхи в 1936 году знаменитый церковный орган, лучший концертный инструмент Москвы, был вывезен в Новосибирск, где был частично пущен на металлолом, частично – на декорации в оперный театр города.

Орган, установленный сегодня напротив алтарной части собора, построен предприятием Вильгельма Зауэра – одной из крупнейших органостроительных фирм Германии. Но изначально инструмент был установлен в московской лютеранской кирхе Святого Михаила. После её закрытия в 1928 году орган был перенесён в Первый московский крематорий. В 1996 году постановлением правительства Москвы этот старейший в Москве орган и был передан приходу лютеранской кирхи Петра и Павла.

И «король инструментов», равный по звуковому объёму симфоническому оркестру, вновь зазвучал во всю мощь своих регистров в одном из старейших лютеранских приходов в России.