Этот храм наименован в честь удивительного человека и связан с именами не менее примечательных людей, оставивших след в русской истории.

Согласно документам, история храма началась в 1652 году, после перенесении мощей святителя Филиппа в Москву, когда была построена деревянная церковь.

Филипп II (в миру – Фёдор Степанович Колычев) был митрополитом Московским и всея Руси с 1566 по 1568 год. Он прославился своими обличениями опричных злодейств царя Ивана Васильевича Грозного. До избрания на московскую кафедру был игуменом Соловецкого монастыря, где проявил себя как способный руководитель. Из-за несогласия с политикой Ивана Грозного и открытого выступления против опричнины попал в опалу. Решением церковного собора лишён сана и отправлен в ссылку в тверской Отроч Успенский монастырь, где был убит. По одной из версий, Малютой Скуратовым. Прах был отвезён и похоронен в Соловецком монастыре.

Инициатором возвращения мощей в Москву выступил Новгородский митрополит Никон (в миру Никита Минич Минин). В 1652 году царь Алексей Михайлович по согласованию с патриархом Иосифом решил перенести мощи святителя в Москву. 11 марта в Соловецкий монастырь было отправлено посольство из духовных и светских лиц во главе с Никоном, которое 3 июня прибыло на Соловки. По просьбе монастырской братии Никон оставил в монастыре часть святых мощей, а остальные переложил в привезённую с собой раку и начал с ними обратное путешествие в Москву. По дороге Никон письмами информировал царя о своём передвижении, на всех остановках мощи вносили в храмы и при большом стечении народа совершали перед ними молебны.

Ко времени возвращения Никона в Москву с мощами Филиппа патриарх Иосиф скончался. Никон понимал, что вернулся в столицу уже практически преемником почившего первосвятителя. Вскоре, в том же 1652 году, из числа 12 кандидатов митрополит Никон, согласно царскому желанию, был избран для поставления в патриархи. Никон согласился принять нелегкий жребий патриаршего служения, но счёл нужным получить от всех клятвенное обещание быть ему, патриарху, послушными во всех делах веры и духовной жизни. Царь, бояре, народ дали такую клятву. Мало того, он получил титул «Великий Государь» ввиду особого расположения к нему царя. Он принимал участие в решении едва ли не всех общегосударственных дел.

Одним из первых дел нового патриарха стало строительство храма Филиппа митрополита на месте встречи мощей в Мещанской слободе. Это уже вслед за этим Никон начнёт свою реформу, которая приведёт к трагическому расколу и Церкви, и русского общества. Вообще, Никон всячески поощрял церковное строительство. При нём были сооружены богатейшие монастыри: Воскресенский под Москвой, именуемый Новым Иерусалимом, Иверский Святоозерский на Валдае и Крестный Кийостровский в Онежской губе.

Место, где был построен храм святителя Филиппа, находилось на землях, принадлежащих Троице-Сергиеву монастырю.

Службы в храме продолжались до 1689 года. К этому времени она так обветшала, что её пришлось разобрать. Через два года, в 1691 году, на её месте выстроили новую, каменную. К этому времени царский престол занял Пётр I, отправив свою сестру правительницу Софью в монастырь.

В середине XVIII века, уже в годы правления императрицы Елизаветы Петровны, настоятель храма и прихожане просили о ремонте храма.

Но настоящая перестройка началась только во времена Екатерины II. В 1777 году, при московском архиепископе Платоне (в миру Пётр Георгиевич Левшин), храм начали перестраивать. Платон отличался завидной энергией и работоспособностью. Будучи назначенным в 1775 году архиепископом Московским, он по-прежнему оставался в должности архимандрита Троице-Сергиевой лавры и занимал должность директора Славяно-греко-латинской академии. Он был возведён в сан митрополита Московского и Коломенского в 1787 году. По преданию, уже тяжело больной, в 1812 году он хотел было ехать на Бородинское поле, чтобы поддержать русские войска.

Церковь Филиппа, митрополита Московского, была задумана в качестве домовой церкви подворья митрополита Платона. Кстати, этим и определяются скромные размеры храма. Но проект подворья остался неосуществленным.

К работе по перестройке церкви Филиппа митрополита Платон привлёк архитектора Матвея Фёдоровича Казакова.

Строительство по проекту М.Ф. Казакова и под руководством архитектора Семёна Антоновича Карина длилось десять лет, и к 1787 году был выстроен величественный храм в стиле раннего классицизма.

Ещё на стадии проекта Казаков предложил оставить нетронутой трапезную, а разобрать только главную часть храма конца XVII века.

К трапезной была пристроена двухэтажная ротонда. С севера и с юга к ротонде примыкают дорические одноэтажные портики. Вынос портиков равен выступу двухэтажного алтаря. Такое построение обусловлено желанием уравновесить композицию ротонды, которая нарушалась бы из-за примыкающей с противоположной стороны трапезной.

Сама ротонда достаточно монументальна: дорический фриз и сильно вынесенный карниз усиливают впечатление монолитности. Более дробные формы её завершения создают переход к лёгкой и воздушной беседке. Беседка-фонарик венчает ротонду и как бы намекает на его основную архитектурную тему – внутреннюю колонную ротонду храма. Так, общее пирамидальное построение церкви, которое становилось с каждым ярусом легче и воздушнее, позволило Казакову внести и в эту постройку элементы изысканной камерности.

В оформление внутреннего пространства церкви были мастерски введены колонны большого ордера. Полукольцо четырёх ионических колонн и алтарная стена несут высокий светлый купол, прорезанный окнами-люкарнами.

Хоры, помещенные вo втором ярусе между стеной и колоннадой, опираются на столбы, стоящие позади колонн.

Лирическую ноту в монументальную композицию вносит малый коринфский ордер алтарной стены. Он оттеняет по контрасту выразительность большого ордера.

Ювелирная красота деталей отделки прекрасно гармонирует с крупными архитектурными формами. При общем классическом характере превосходной архитектуры в частностях здесь ещё много фантазии и живости стиля предыдущей эпохи – барокко.

В 1889 году при храме была построена богадельня, а в 1896 году – открыта церковно-приходская школа.

Храм был закрыт в 1939 году. С того времени до 1991 года в храме находились государственные учреждения.

С апреля 1991 года в храме возобновились богослужения. К 1997 году было закончено строительство часовни и двух зданий комплекса «Сибирского подворья», которое знаменует собой духовное единение Москвы и сибирских земель.