У каждого здания в столице есть свои предания. Известные и забытые, связанные с реальными историческими персонажами и с легендарными. Одно из преданий храма Иоанна Воина на Якиманке неотрывно от имени царя Петра I.

Самое первое упоминание о церкви Иоанна Воина относится к временам правления первого русского царя из династии Романовых – Михаила Фёдоровича. Тогда, в 1625 году, церковь располагалась на берегу Москвы-реки и называлась церковью Иоанна Войнственника «что у Крымского двора на берегу». Исследователи считают, что она стояла ближе к Крымскому мосту, приблизительно там, где начинается территория Центрального дома художников (ЦДХ), на пересечении Якиманского и 2–го Бабьегородского переулков.

В Замоскворечье находилось немало стрелецких слобод. Сами стрельцы были до того заметны на улицах этой части Москвы, что иностранцы в XVII веке окончательно закрепили за всем Замоскворечьем название Стрелецкой слободы.

Церковь находилась «под горою», и часто разливы реки подтапливали её. Вообще, вся эта местность сильно затапливалась вплоть до строительства в 1786 году, во времена Екатерины II, водоотводного канала.

Стараниями стрельцов началось строительство новой каменной церкви во времена правления Алексея Михайловича. В 1671 году храм был отстроен и освящён. Но недолго под сводами храма проходили службы, а мелодичный перезвон его колоколов разносился над Замоскворечьем. После стрелецкого восстания 1698 года оставшиеся в живых стрельцы с семьями были выселены из Москвы. Храм, где молились стрельцы, запустел, стал разрушаться. В 1708 году, во время наводнения, он оказался затопленным. Очевидец писал: «…вода была великая на Москве, под каменной мост, под окошки подходила, и с берегов дворы сносила и с хоромами и с людьми, и многих людей потопила, также и церкви многие и у Иоанна Войнственника за Москвою-рекою церковь Божию потопило».

Осенью 1709 года, после Полтавской битвы, царь Пётр приехал в Москву. Согласно преданию, оказавшись на Якиманке, Пётр I увидел, что церковь стоит в воде и прихожане добираются к ней на лодках. Узнав, что это церковь Иоанна Войнственника, царь был возмущен, что храм, посвящённый покровителю воинства, был в таком состоянии. Якобы царь просил передать священнику, что хотел бы видеть каменный храм стоящим на возвышении. И, кроме того, пообещал выделить средства на строительство и даже прислать план храма.

Через два месяца царь и в самом деле приехал с планом. Увидев привезённый для строительства материал, похвалил священника и выдал на продолжение работа триста рублей.

В 1712 году из стрелецких оброчных земель для церковного кладбища были отведены пустырь и несколько дворов. Московский губернатор князь Михаил Григорьевич Ромодановский отменил уплату оброчных денег с этих земель.

К освящению храма в 1717 году Пётр I прислал золотые сосуды, картину и пудовую гирю на массивной цепи. Гирю подвесили при входе для напоминания людям о соблюдении порядка во время службы.

Однако есть все основания полагать, что строительство храма на новом месте планировалось раньше. Ведь земля для постройки новой церкви была куплена ещё в 1702 году. Но, видимо, начало строительства храма Иоанна Воина в самом деле простимулировал Пётр I, в том числе и финансово.

Автором проекта был архитектор Иван Петрович Зарудный.

Освящение храма в 1717 году совершил патриарший местоблюститель Стефан (Яворский).

В 1721 году рядом с храмом началось строительство богадельни. Сохранился документ, согласно которому за пять рублей вдова сторожа Мундирной канцелярии уступила землю и строения «к церкви Иоанна Войнственника для строения на ней богадельни».

В 1760 году храм Св. мученика Иоанна Воина стал трёхпрестольным. Третий престол был освящён в честь Дмитрия Ростовского. В 1752 году были обретены мощи святителя Дмитрия Ростовского. Год смерти святителя совпал со временем закладки храма Иоанна Воина. Переплетение дат и стало поводом освятить новый престол во имя этого святого.

В 1812 году при нашествии Наполеона храм был осквернен французами. Очевидец вспоминал: «Привлечённые золотом, серебром, жемчугами и драгоценными камнями, французы не смогли отворить западные двери церковные, отломали южные, потом отворили северные, запертые, подобно южным, изнутри, и в храм Божий ввели своих коней. Ища сокровищ, они взламывали пол, рубили стены, а сокровища им не давались. Заметили под самым алтарем подвал, но вместо того, чтобы спуститься в него ходом с северной стороны храма или окнами (нижними), они проламывали нижний свод среди алтаря, не подозревая, что южная часть подвала, вблизи которой находились драгоценности, отделена каменною стеною».

Бушевавшее на Якиманке пламя остановилось, дойдя до церковной ограды. Храм и вся правая сторона улицы до Калужских ворот (где ныне Калужская площадь) остались вне пожара.

Те дни, когда храм был разграблен, остались единственными днями за всю историю, когда в нём не совершались богослужения.

По счастливой случайности в годы советской власти храм оставался действующим. Правда, в 1922 году в храме были конфискованы церковная утварь и другие ценности. Но вскоре туда стали переносить святыни из закрываемых московских церквей. Среди таких святынь икона праведных Иоакима и Анны из храма, давшего имя улице Якиманке, и икона св. Василия Блаженного из храма его имени на Красной площади, и мощи и икона св. великомученицы Варвары из храма её имени, что на Варварке. Были принесены в храм и иконы Спаса Смоленского и святителя Николая Чудотворца, которые находились раньше над воротами Московского Кремля, получившими от них свои наименования.

До сегодняшнего дня здесь хранится уникальный резной золоченый иконостас. Он был сооружен в 1708 году для церкви Трёх Святителей у Красных Ворот и перенесён оттуда в храм Св. мученика Иоанна Воина в 1928 году, когда церковь Трёх Святителей была снесена.