Во второй половине 1990-х — 2000-е гг. Русская православная церковь и другие традиционные конфессии укрепили свои позиции. Этому способствовали новое законодательство, поставившее РПЦ в более благоприятные условия в конкуренции с инославными деноминациями, и изменившееся настроение в обществе. Усилилась взаимосвязь между религией и этнокультурной идентичностью. Во второй половине 1990-х гг. принципиальной позицией Русской православной церкви в межконфессиональных отношениях становится поддержание отношений и сотрудничество в первую очередь с традиционными конфессиями страны (ислам, буддизм и иудаизм, т. е. религии, исторически исповедовавшиеся рядом народов России).
В декабре 1998 г. по инициативе Русской православной церкви главы и представители РПЦ, ислама, буддизма и иудаизма создали Межрелигиозный совет России— орган для работы в области межрелигиозного сотрудничества. Представители традиционных российских религий совместно проводили различные общественные мероприятия, например, по борьбе с распространением наркотиков среди молодёжи. Что же касается отношений между Русской православной церковью и западными христианскими конфессиями, то, если в 1990-е — начале 2000-х гг. они были достаточно напряжёнными, в последние годы эти отношения заметно улучшились. Стали меньше подчёркиваться разногласия по проблеме прозелитизма, а больше обсуждаться сходные точки зрения в таких вопросах, как поддержание мира, сохранение морали и духовности, необходимость совместного отстаивания христианских ценностей.

Для современной религиозной ситуации характерно то, что, причисляя себя к Русской православной церкви и к другим традиционным для России конфессиям, люди выражают не только свою мировоззренческую позицию, но и национальное самосознание. На протяжении почти всего постсоветского периода число приверженцев традиционных для России конфессий оказывалось больше, чем число верующих. Человек может не считать себя верующим, но относит себя к той или иной конфессии в силу историко-культурной традиции. Таким образом, традиционные конфессии воспринимаются не только как собственно религиозные (мировоззренческие) системы, но и как культурная среда и образ жизни.

Даже при отходе от религии в смысле личной веры люди часто связывают себя со своей исторической конфессией. По данным социологических исследований середины 1990-х гг., до половины неверующих отмечали религиозные праздники, некоторые посещали храм или участвовали в религиозных обрядах. В постсоветский период увеличилось число тех, кто принимает религиозную веру на уровне мировоззренческого выбора, и тех, кто приобщён к религии через обрядовую сторону, и тех, кто ассоциирует себя с определённой конфессией в силу этнокультурных причин.

Религиозный фактор важен для этнической самоидентификации многих россиян. Поэтому на вопрос «Какой религии вы придерживаетесь?» довольно распространены ответы: «Я — русский, значит, православный», «Я — татарин, значит, мусульманин» и т. п. Религия часто понимается не только как мировоззрение, но и как часть культурного наследия. Культурная составляющая религии наиболее очевидна людям, выросшим в секуляризованном обществе.

Ещё одной особенностью религиозной ситуации постсоветского периода было то, что, хотя практическая религиозность населения оставалась относительно невысокой, религия становилась всё более существенным фактором российской жизни. Её роль оказалась гораздо важнее, чем можно было бы считать, основываясь лишь на данных социологических опросов о посещаемости богослужений или выполнении религиозных предписаний. Практическая религиозность, впрочем, также растёт. Особенно многолюдными становятся праздничные богослужения, крестные ходы, а крещение, венчание и отпевание стали всеобщей практикой.

Всё же разрыв между числом тех, кто считает себя принадлежащим к той или иной конфессии, и тех, кого можно считать практикующими верующими (это люди, посещающие богослужения и молитвенные собрания, соблюдающие религиозные предписания и т. п.), сохраняется. В активную религиозную жизнь вовлечено относительно небольшое число верующих. Впрочем, это типично не только для России, но и для других стран и в значительной степени связано с ритмом и темпом современной жизни, особенно городской.

Официальная статистика численности последователей той или иной конфессии в современной России отсутствует. В единственной пока в постсоветской России переписи населения 2002 г. религиозная принадлежность населения не выяснялась. При оценке численности приверженцев разных конфессий приходится основываться на данных социологических опросов. В 2008 г., по данным Фонда общественного мнения, 59% населения страны считали себя православными (по данным Аналитического центра Юрия Левады на тот же год, 71% населения), 2% населения заявляли о своей принадлежности к другим христианским конфессиям (по данным Аналитического центра Юрия Левады, 1% населения составляли католики и 1%— протестанты), 6% относили себя к исламу (5%, по данным Аналитического центра Юрия Левады), 2%— к иным религиям (по данным Аналитического центра Юрия Левады, 1%— к иудаизму и 1%— к буддизму). Что касается людей, не связавших себя ни с одной конфессией, то Фонд общественного мнения выделил 5% затруднившихся определить свою конфессиональную принадлежность и 26% неверующих. Аналитический центр Юрия Левады отметил 5% атеистов среди населения России.

Таким образом, абсолютное большинство россиян по-прежнему связывает себя с православием, прежде всего с Русской православной церковью. Православия в России придерживаются большинство русских, карел, вепсов, води, ижорцев, саамов, коми, коми-пермяков, мордвы, марийцев, удмуртов, чувашей, кряшен, нагайбаков, осетин. Православие исповедуют многие живущие в России украинцы, белорусы, а также молдаване, грузины, гагаузы, греки, цыгане. Православие исповедует также ряд христианизированных в достаточно сильной степени народов Сибири: якуты, хакасы, телеуты, шорцы, кумандинцы, тубалары, челканцы, чулымцы, тофалары, манси, ханты, селькупы, кеты, юги, эвенки, эвены, негидальцы, нанайцы, ульчи, ороки и др. Все они, впрочем, сочетают православие со своими традиционными верованиями. И хотя в прошлом многие из сибирских и дальневосточных народов были почти поголовно крещены, практически для всех из них характерно своеобразное двоеверие, когда выполнение православных ритуалов сочетается с совершением традиционных обрядов. Наличие заметных групп приверженцев языческих верований характерно и для народов Поволжья, прежде всего марийцев, а также удмуртов, чувашей и кряшен. Православие в России исповедует часть евреев, западных бурят, алтайцев, небольшая группа калмыков и кабардинцев.

Российские католики живут как в европейской, так и в азиатской частях страны. Католицизм в России традиционно ассоциируется прежде всего с поляками, хотя среди российских католиков немало представителей других этнических групп. Это часть живущих в России немцев и белорусов, литовцы и др. В последние десятилетия среди российских католиков появилось немало этнических русских.

Протестантизм в современной России представлен различными течениями, включая лютеранство, баптизм, пятидесятничество, меннонитство, адвентизм и др. В 1990-е гг. в структуре российского протестантизма произошли существенные изменения. Если до 1990-х гг. крупнейшей протестантской конфессией в России был баптизм, то теперь пятидесятники (вместе с харизматами) немного превзошли баптистов по численности. В 1990-е гг. в России появилось несколько российско-корейских протестантских церквей (в основном пресвитерианских и методистских), развернувших проповедническую деятельность не только среди российских корейцев, но и среди народов Сибири и Дальнего Востока. Лютеранства в России придерживаются финны, часть немцев и некоторые другие небольшие группы. Часть немцев исповедуют реформатство и меннонитство. Если для лютеранства, реформатства и меннонитства характерна определённая этническая избирательность, то среди других протестантских групп встречаются представители разных народов. Наиболее успешными протестантские миссионеры оказались в Сибири и на Дальнем Востоке. Среди приверженцев протестантизма в этом регионе есть русские, украинцы, а также представители коренных сибирских этносов.

Ислам остаётся второй по численности последователей религией России. Подавляющее большинство российских мусульман — сунниты, преимущественно ханафитского и шафиитского мазхабов. В последние десятилетия в России появились приверженцы ваххабитской секты ханбалитс-кого мазхаба, традиционно нетипичного для российских мусульман. Есть среди российских мусульман шииты, например большинство живущих в стране азербайджанцев. Ислама в России придерживаются татары, башкиры, карачаевцы, балкарцы, кумыки, ногайцы, чеченцы, ингуши, аварцы, андо-цезские народы Дагестана, арчинцы, лакцы, даргинцы, лезгины, табасараны, агулы, ру-тульцы, цахуры, кабардинцы (за исключением исповедующих православие моздокских кабардинцев), черкесы, адыгейцы, шапсуги, абазины, хемшилы, а также живущие в России казахи, каракалпаки, крымские татары, киргизы, узбеки, уйгуры, туркмены, азербайджанцы, турки, таджики, персы, таты, талыши, курды и некоторые другие.

Буддизм в России по-прежнему распространён преимущественно среди бурят, тувинцев и калмыков. Однако в последние десятилетия в крупных российских городах (Москве, Санкт-Петербурге, Владивостоке, Екатеринбурге, Новосибирске и др.) появились общины так называемых неэтнических буддистов (среди них русские и др.), относящихся к разным буддийским направлениям и школам.

Численность последователей иудаизма в России в постсоветский период сократилась в результате эмиграции. Вместе с тем появление в стране религиозной свободы привело к тому, что часть в прошлом неверующих евреев вернулись в иудаизм. В 1993 г. был создан Конгресс еврейских общин России (с 1996 г. Российский еврейский конгресс). В него вошли ортодоксальные и реформированные общины, позже присоединились и консервативные общины. Другое движение в современном российском иудаизме — хасидизм. В 1999 г. хасидские общины образовали Федерацию еврейских общин России.

Среди нетипичных для России действующих в стране религиозных организаций следует назвать кришнаитов, бахаистов, свидетелей Иеговы, мунитов, мормонов. Эти новые религиозные организации активны в крупных городах, а также там, где оказалась слабой сеть общин традиционных конфессий. В последние годы население страны стало более негативно относиться к нетрадиционным для России религиозным направлениям.

В России живут представители других религий. Так, часть алтайцев придерживаются бурханизма — возникшей в 1904 г. синкретической религии, сочетающей элементы шаманизма и буддизма.

В стране по-прежнему существуют традиционные культы. Особенно они распространены у народов Севера и Сибири, слабо затронутых христианизацией. Это чукчи, коряки, кереки, нивхи, удэгейцы, нганасаны, теленгиты (достаточно многочисленные группы православных имеются только среди коряков и нивхов). Последователи традиционных культов есть и среди народов Поволжья (в первую очередь среди марийцев). В постсоветский период произошло оживление традиционных языческих верований и у христианизированных народов Сибири и Поволжья.
Получив возможность свободной деятельности, многие религиозные организации России стремятся позитивно влиять на процессы в российском обществе. Это нашло отражение в разработке специальных документов. В 2000 г. были приняты Основы социальной концепции Русской православной церкви, отразившие взгляды Церкви на социально значимые проблемы. В 2001 г. были приняты Основные положения социальной программы российских мусульман. Документы, содержащие социальные доктрины, были разработаны другими российскими конфессиями.

Многие российские конфессии существенное значение придают социальному служению, благотворительности, необходимости внести свой вклад в укрепление института семьи и повышение нравственности населения. В последние годы религиозные организации стали играть активную роль в сфере миротворчества. В 2000 г. в Москве по инициативе Русской православной церкви прошёл первый межрелигиозный миротворческий форум, в котором участвовали представители многих распространённых в России религий.

В июле 2006 г. Московский патриархат стал организатором Всемирного саммита религиозных лидеров, на который съехались более ста глав и представителей религиозных общин из различных стран. Выступление президента России В. В. Путина с приветственной речью на этом форуме можно считать признанием со стороны государства важности этой инициативы РПЦ и активности религиозных организаций на ниве миротворчества. Участники форума призвали всех верующих планеты уважать и принимать друг друга, невзирая на религиозные, национальные и иные различия. В последнее десятилетие стало более явным сотрудничество Русской православной церкви и других религиозных организаций с государством в области развития совместных социальных программ, сохранения мирового культурного наследия, развития науки и творческой деятельности, противодействия распространению псевдорелигиозных структур и охраны окружающей среды.

В целом роль религиозных организаций в нашей стране возросла. Они вносят существенный вклад в формирование гражданского общества в многонациональной России.

Русская православная церковь играет в этом важную роль. Она с уважением относится к суверенитету, к национальному выбору каждого из народов. В своём выступлении на встрече с общественностью Казахстана в январе 2010 г. Святейший патриарх Кирилл отметил, что в условиях многонационального государства, каким и является Россия, каждый суверенитет и национальный выбор не должны быть нацелены на конфронтацию, на разжигание конфликтов и противоречий. Он отметил, что в условиях государственного суверенитета и независимости люди, вышедшие из общей исторической традиции, могут и должны сохранять тесные взаимоотношения, братские связи, чтобы вместе решать проблемы, с которыми они сталкиваются.