В начале 1990-х гг. религия постепенно восстанавливала свои позиции в обществе. Религиозная мысль, практика и институты приобретали социальную значимость. Люди радовались восстановлению церквей и монастырей, возрождению религиозных праздников и традиций. Значительная часть населения одобряла передачу религиозным организациям собственности, исторически им принадлежавшей. Типичное для тех лет разочарование, вызванное неспособностью государственного руководства разрешить многочисленные социальные проблемы, порождало надежду на негосударственные институты. Из них наибольшее доверие вызывали религиозные организации, как исторически существовавшие, так и недавно появившиеся. Самой большой популярностью у населения пользовалась Русская православная церковь. В первую половину 1990-х гг. её рейтинги были выше, чем у любого другого общественного института. В конце 1990-х гг. по уровню доверия населения церковь иногда уступала первое место армии, в 2000-е гг. — президенту страны.

Среди особенностей конфессиональной ситуации первой половины 1990-х гг. было увеличение активности всех деноминаций. В тот период, по имеющимся оценкам, 67 % населения страны считали себя верующими и 33 % — неверующими. В стране возросла численность последователей всех уже существовавших религиозных организаций, возобновилась деятельность некоторых конфессий, запрещённых в советское время. Появилось много новых, прежде не распространённых в России деноминаций. Среди них весьма активными были так называемые харизматические церкви (как и пятидесятники, верящие в говорение на языках, чудесные исцеления и другие дары Святого Духа), корейские протестантские церкви (в основном пресвитерианские), некоторые деноминации маргинального протестантизма: мормоны (церковь Иисуса Христа святых последних дней), муниты (церковь объединения), а также метабуддийские секты, особенно Аум Синрикё, неоиндуистские секты, прежде всего Общество сознания Кришны, ранее нехарактерная для России мусульманская секта ваххабитов и др. Появление большого числа новых религиозных организаций вызывало беспокойство Русской православной церкви и других издавна существовавших в России конфессий.

Правовой фон в 1990-х гг. также способствовал религиозному плюрализму. Перед государством тогда встала задача принятия нового религиозного законодательства. Общество хотело полной религиозной свободы, ассоциировавшейся с демократическими завоеваниями и преодолением наследия советских времён. Как это ни удивительно, но вплоть до 1990 г. деятельность религиозных организаций в стране регулировалась законодательным актом 1929 г., претерпевшим со временем лишь несущественные изменения, хотя с конца 1980-х гг. на практике его нормы уже не применялись.

Принятый в РСФСР в 1990 г. либеральный Закон «О свободе вероисповеданий» предоставил весьма широкие возможности для деятельности религиозных организаций. Церковно-государственные отношения были приведены в соответствие с основными принципами светской концепции прав и свобод человека. Были отменены все ограничения, касавшиеся деятельности религиозных организаций, гарантированы равные права всем деноминациям, разрешено обучение религии в негосударственных школах, запрещено вмешательство властей в дела религиозных организаций. Закон 1990 г. демонстрировал уважение государства к религиозным чувствам населения. Так, по просьбам религиозных объединений органы государственной власти могли объявлять дни больших религиозных праздников нерабочими днями. Религиозные объединения получили право юридического лица, которого они были лишены в советское время. Процедура создания религиозной организации была упрощена.

Философия закона 1990 г. базировалась на идеях индивидуального религиозного выбора, нейтрального отношения государства ко всем религиозным организациям и представлении о религии как личном деле человека. Однако закон 1990 г. не только сформулировал новые концептуальные идеи, но также спровоцировал жаркие дебаты о разделении всех деноминаций на традиционные и нетрадиционные. К середине 1990-х гг. всё более популярными становились идеи о наделении исторических конфессий особой ролью в поддержании национальной идентичности и сохранении национальной культуры.

Закон 1990 г. открыл дорогу зарубежным миссионерам. Он не делал различий между гражданами России и иностранцами не только в области личных религиозных прав, но и в плане возможности создания религиозной организации. В первую половину 1990-х гг. число религиозных организаций резко возросло, достигнув более 16 тыс. за семь лет действия закона, т. е. увеличилось вдвое. Ещё быстрее росло число иностранных миссий, увеличившись с 37 в 1992 г. до 250 в 1994 г.

В этот период Русская православная церковь оказалась не единственным субъектом в деле рехристианизации исторически православного населения. На канонической территории РПЦ конкурировали многие христианские деноминации. Ситуация осложнялась ещё и тем, что Русская православная церковь и конкурировавшие с ней деноминации по-разному видели границы допустимой миссионерской деятельности. Так возникла проблема прозелитизма. Уже вскоре после своего возникновения она перестала быть только религиозной. К середине 1990-х гг. религиозная сфера сильно политизировалась. Население при этом было против политизации религиозных организаций. На парламентских выборах 1995 г. религиозно-политические движения «Христианско-демократический союз» и «Нур» (мусульманское движение) получили очень малое количество голосов.

Ещё одной вехой в формировании новой модели государственно-религиозных отношений стало принятие в 1993 г. Конституции Российской Федерации, содержащей ряд положений, касающихся религиозной сферы. Конституция определяет Российскую Федерацию как светское государство (в российском контексте понятие «светское государство» близко к понятию «нейтральное по отношению к религии государство», не вмешивающееся в дела религиозных организаций). Основной закон подчёркивает, что никакая религия не может устанавливаться в качестве государственной или обязательной. По Конституции религиозные объединения отделены от государства и равны перед законом, государство гарантирует равенство прав и свобод человека и гражданина независимо от отношения к религии. По Конституции каждому гарантируется свобода совести и вероисповедания, включая право исповедовать индивидуально или совместно с другими любую религию или не исповедовать никакой, свободно выбирать, иметь и распространять религиозные и иные убеждения и действовать в соответствии с ними. Конституция запрещает агитацию, возбуждающую религиозную ненависть и вражду, и пропаганду религиозного превосходства. Она также провозгласила право граждан на замену по религиозным убеждениям военной службы альтернативной гражданской.

Принятие Конституции, однако, не завершило формирование законодательной базы в области религии. Появившиеся ещё до её вступления в силу предложения о разработке нового закона о религии не прекратились и после принятия Конституции. Одним из обоснований необходимости нового закона было то, что с прекращением в 1993 г. существования Советов народных депутатов фактически не осталось никакого контроля за соблюдением Закона «О свободе вероисповеданий» (этот контроль возлагался именно на Советы). Кроме того, говорилось о необходимости законодательного ограничения деятельности так называемых тоталитарных сект (Белое братство, Аум Синрикё и др.) и защиты традиционных конфессий.

С середины 1990-х гг. православие и другие традиционные конфессии всё больше определяли культурные ценности даже для невоцерковленной части населения. Для второй половины 1990-х гг. было характерно изменение настроения населения в сторону повышения интереса к традиционному и привычному, в том числе и в религиозной сфере. Название «традиционные конфессии» и противопоставление им нетрадиционных к середине 1990-х гг. широко вошли в религиоведческий и общественно-политический язык. Под традиционными понимались религиозные объединения, издавна существующие на определённой территории и среди определённых этнических групп.

В 1997 г. был принят новый Закон «О свободе совести и о религиозных объединениях». Он содержал иную концепцию отношений между религией, обществом и государством и отражал другие общественные настроения. Закон 1997 г., подтверждая право каждого на свободу совести и свободу вероисповедания, увязывал религиозную жизнь с историческим и культурным контекстом. Не случайно поэтому большинство так называемых традиционных конфессий (Русская православная церковь, наиболее многочисленные мусульманские организации, буддисты, иудаисты, евангелическо-лютеранская церковь России) приветствовали принятие закона, в то время как религиозные организации, развернувшие миссионерскую деятельность в 1990-е гг., отнеслись к нему критически.

Базовые принципы религиозной свободы в законе 1997 г. были сохранены. Более того, они излагаются детальнее и сведены воедино. Если бы этому новому закону не предшествовала неограниченная религиозная вольница, то он, возможно, и не вызвал бы той резкой критики, которая звучала в его адрес со стороны ряда религиозных и общественных организаций. Закон 1997 г. вводил критерии, на основе которых объединение признавалось религиозным. Теперь группе лиц недостаточно было просто объявить себя религиозным объединением.

Возможность создания религиозной организации увязывалась с гражданством учредителей. Закон 1997 г. вводил иерархию религиозных объединений: религиозные организации, действовавшие до 1982 г., т. е. более пятнадцати лет, оказались в более выгодном положении по сравнению с созданными позже. Возможность миссионерской работы была ограничена.
Учитывая интересы традиционных конфессий, закон 1997 г. предусматривал то, что по просьбам религиозных организаций соответствующие органы государственной власти могут объявлять религиозные праздники нерабочими днями на определённых территориях. Право органов власти субъектов Федерации объявлять религиозные праздники нерабочими днями в соответствующем субъекте или даже на части его территории было нововведением закона 1997 г. и отражало стремление учитывать религиозную специфику населения конкретной территории. Раньше праздничные дни устанавливались только федеральной властью для страны в целом.

Закон 1997 г. никогда не применялся в полной мере. Уже вскоре были приняты поправки, смягчившие или фактически изменившие статьи, вызвавшие наибольшую критику. Конституционный суд в 1999 г. принял решение, по которому положение о пятнадцатилетнем стаже для обретения полноценного статуса может применяться лишь к тем религиозным объединениям, которые были созданы после вступления закона в силу, и не относится к тем религиозным организациям, которые на момент принятия закона уже официально существовали. Оказалось, что большинства религиозных объединений это положение закона не касается, так как основная масса новых деноминаций появилась в начале 1990-х гг., т. е. до принятия закона «О свободе совести и о религиозных объединениях». Закон 1997 г. способствовал формированию модели государственно-конфессиональных отношений, которая предполагает приоритетное партнёрство государства с традиционными для России конфессиями при соблюдении конституционных принципов свободы совести и свободы вероисповедания для всех религиозных объединений.