Аугсбургский мир, положивший конец в XVI веке религиозным войнам, на самом деле не мог продолжаться долго. Свобода выбирать исповедание предоставлялась только правите­лям, чем многие их подданные были недо­вольны. Получилось так, что этот мир стал всего лишь перемирием, заключенным до той поры, пока каждая из сторон не почувствова­ла возможность открыть против другой воен­ные действия. Император Богемии Фердинанд II и герцог Баварии Максимилиан, выпускники иезуитских школ, были ярыми врагами про­тестантизма.

Когда в 1608 году германские князья-протестанты создали Евангелическую унию для объединения всех своих сил и им­перских городов во главе с курфюрстом Пфальца, католические духовные и светские князья Германии через год создали Католиче­скую лигу во главе Максимилианом Бавар­ским. Религиозный конфликт вот-вот готов был вылиться в серьезные военные действия, что и произошло из-за одного случая в Праге. Раздраженные военно-политическими при­теснениями жители Праги в 1613 году выбро­сили из окна императорских послов, прибыв­ших для переговоров, изгнали из Богемии иезуитов и выбрали короля-кальвиниста. Но тут же начались разногласия между лютера­нами и кальвинистами, которые позволили иезуитам подавить мятеж. В Пфальце и Боге­мии протестанты подверглись гонениям, их вожди были казнены, В Богемии издали указ, согласно которому все, кто не станет католи­ками до Пасхи 1626 года, должны покинуть страну. Пфальц отошел к Максимилиану Баварскому в награду за то, что под его началом Католическая лига разгромила повстанцев.

Англия, Нидерланды и Дания, составив­шие Протестантскую лигу, хотели отобрать престол Пфальца у Максимилиана и войти в Германию. Имперский главнокомандующий в Тридцатилетней войне Альбрехт Валленштейн одержал ряд побед над датским королем Крис­тианом IV, который вторгся в Германию.

В 1630 году в Германию вошли войска под командованием юного шведского короля Гус­тава Адольфа. Он был очень талантливым пол­ководцем. Войска его относились к местному населению доброжелательно. Протестанты- шведы не преследовали католиков на завое­ванных ими территориях. На поле неподалеку от Лейпцига войска Густава Адольфа разбили армию Католической лиги. Густав Адольф двинулся к центру Католической лиги, Бава­рии. В 1632 году на поле близ Лютцена датча­не сразились с армией Валленштейна, которая потерпела поражение, но Густав Адольф в этом сражении был убит.

Война превратилась в бесконечные стычки и бандитские налеты, причинявшие огромные страдания народу, изнемогавшему под ее бре­менем.

С 1635 года из политических соображений на стороне протестантов выступила католиче­ская Франция. Тридцатилетняя война с этого момента приобрела не религиозный, а поли­тический характер. Война на истерзанной германской земле продолжалась еще тринад­цать лет межу французскими, шведскими, ис­панскими и австрийскими армиями.

После долгих и сложных переговоров в 1648 году был подписан Вестфальский мир. Наибольшую выгоду из затяжной войны из­влекли Франция, расширившая свои границы до Рейна, и Швеция, получившая земли на побережье Балтийского и Северного морей. Германия и Чехия заплатили за мир большой ценой: около половины населения Германии погибло, в Чехии — еще больше. Экономика имперских земель была разрушена. Полити­ческая раздробленность и религиозное проти­востояние в Германии закрепилось войной на два века. Правители разных стран исходя из опыта Тридцатилетней войны поняли, что им следует подчинять свои действия не религиоз­ным соображениям, а интересам своего госу­дарства и своих подданных; так зародилась идея о светском государстве.

Папа Иннокентий X (1644—1655) назвал Вестфальский мир недействительным, но на папу уже никто не обращал внимания. Пап­ские легаты даже не были допущены к мир­ным переговорам, что означало конец пап­ской идее политического управления. После Вестфальского мира даже государи-католики не принимали во внимание мнение пап. Но вместе с тем много епископов и протестант­ских городов вновь перешли в католицизм в Германии и Швейцарии.