Московская митрополия, став фактически независимой от Константинополя, вынашива­ла планы поставить своего патриарха.

В 1586 году в Москве побывал Антиохийский патриарх Иоаким. Царь Феодор Иоаннович начал вести с ним переговоры об установ­лении в России патриаршества. Иоаким отвечал, что он не уполномочен решать столь важный вопрос, но обещал переговорить об этом с остальными восточными патриархами, в первую очередь с Константинопольским патриархом Феолиптом. Но когда Иоаким отбыл из Москвы, обнадежив Московского царя, Феолипта свергли с патриаршего престола, на который возвратили бывшего до этого в ссыл­ке патриарха Иеремию II.

Резиденция патриарха в Константинополе была разорена турками, и Иеремие не остава­лось ничего другого, как ехать на поклон к рус­скому царю за финансовой помощью. Встрети­ли Константинопольского патриарха в Москве очень торжественно. Во-первых, старейший па­триарх впервые посетил столицу России. Во- вторых, он привез в дар московской митрополии мощи многих святых. В-третьих, ко времени его приезда царский шурин Борис Годунов поста­вил митрополитом своего любимца Иова, кото­рого хотел возвысить до звания патриарха.

По поручению царя Феодора Годунов на­чал вести с Иеремией переговоры о русском патриаршестве. Но тот не был готов к такому разговору; возможно, Иоаким не успел сооб­щить ему о желании русских, а может Иере­мия сделал вид, что впервые слышит об этом. Тогда русские пошли на хитрость. Они пред­ложили Иеремии стать Московским патриар­хом, сохраняя звание Вселенского патриарха. Иеремия, пораженный блеском и богатством русской столицы, выразил согласие. Получив принципиальное согласие Константинополь­ского патриарха на установление патриарше­го престола в Москве, русские объявили ему, что, поскольку московская кафедра занята митрополитом Иовом, ему, Иеремии, надле­жит проживать во Владимире, где когда-то помещалась древняя резиденция русского ми­трополита. К такому повороту дела Иеремия не был готов. Он понимал, что патриарх, от­даленный от царя, не имеет настоящей силы и значения, и от пребывания во Владимире от­казался наотрез. Тогда Феодор Иоаннович по­слал к Иеремии бояр с просьбой возвести ве­ликого митрополита Московского Иова в патриаршье звание, и теперь Константино­польский патриарх не смог отказаться. О том, кого избирать, и русские архиереи, и Кон­стантинопольский патриарх заранее знали. Наречение Иова в патриархи произошло в 1589 году в царских палатах, а в Успенском соборе Кремля состоялось избрание патриар­ха Московского и всея Руси. Так завершилась первая в истории Русской церкви реформа.

Вторая началась при царе Алексее Михай­ловиче в середине XVII века. Инициатором ее проведения выступил Московский патриарх Никон. Он издал ряд указов, стремясь внести порядок в форму богослужения. В 1654 году Никон собрал поместный собор, подтвердив­ший его указы, и постановил пересмотреть и исправить богослужебные книги, копии кото­рых сильно отличались одна от другой.

Простые люди восприняли его нововведе­ния как надругательство над самой православ­ной верой. Недовольных объединил вокруг се­бя бывший друг Никона протопоп Аввакум. Он и его единомышленники стали именовать себя старообрядцами. Сторонники же Никона называли ревнителей старого благочестия рас­кольниками. Старообрядцы объявили царя ан­тихристом, так как он поддержал реформы Никона. Государство ответило противникам реформ ссылками и казнями. Позже царь из­менил свое отношение к Никону и стал само­стоятельно управлять церковью.

На соборе 1666—1667 годов была под­тверждена правильность всех реформ, а старо­обрядцы преданы анафеме. Последние ответи­ли массовыми самосожжениями. В огне погибло не менее 20 тысяч человек.

Смысл реформ, проводимых Петром I, сво­дился к тому, чтобы лишить церковь патри­арха и заменить его коллегией, которая долж­на была подчиняться царю. В 1700 году умер патриарх Адриан, но Петр медлил с выбора­ми нового патриарха, хотя назначил молодо­го украинского архиерея Стефана Яворского местоблюстителем патриаршего престола.

В 1711 году он уполномочил Сенат управ­лять церковными делами. В 1720 году совет­ник царя по духовным вопросам Феофан Прокопович подготовил «Духовный регламент», по которому Петр и создал высший орган уп­равления церковью — Святейший Синод. Согласно «Духовному регламенту», царь являл­ся верховным надзирателем за церковью. Ру­ководил Синодом назначенный им обер-про­курор, человек светский.

В 1723 году Синод как высший орган уп­равления церковью был признан Вселенским патриархом и всеми восточными патриархами.